任天堂表示過 Switch 2 能支援 99% 的舊有 Switch 遊戲，但想不到正式開賣後，隨即發現有遊戲跟新機出現相容性的問題。任天堂確認《任天堂明星大亂鬥 特別版》（Super Smash Bros. Ultimate）在 Nintendo Switch 2 上使用會出現相容性問題，當進行跨平台連線對戰時，可能導致比賽異常中斷，官方目前已就相關問題進行修復。
根據任天堂官方表示，遊戲雙方分別使用初代 Switch 和 Switch 2 主機進行線上對戰，如其中一方是選用 Mii 鬥士，(即是以玩家設計的 Avatar 形象) 作為角色，該場比賽就可能會突然終止，並將雙方從連線對戰中踢出。目前，有問題僅限於使用 Mii 鬥士角色，估計是跟遊戲中的自訂化設定有關。不排除其他可使 Mii 角色的遊戲在 Switch 2 上執行時也會出現不相容的情況。
另外，在 Switch 2 發售當日，原來任天堂官方亦同時推出 20.1.1 的系統更新版本。這個更新原來涉及包括 執行 Nintendo Switch 軟件、Nintendo Switch Online 連線、GameChat 語音聊天、Nintendo eShop 商店等核心功能。玩家會在設定新機的過程中，當主機接連網絡後，應該會出現下載更新的提示；若選擇略過，後續在啟用任一其本功能時仍會出現提示。